Еще раз, Эрен просто шел по сценарию, сценарий написала сама прародительница, считай БОГИНЯ, и сделать это в ее силах. И последний эпизод тому доказательство, он заранее, до боя, проговорил со всеми через пути и запечатал временно их воспоминания, чтобы они об этом забыли, и поставил активатором свою смерть. На момент смерти у него не было сколопендры, но воспоминания ребятам все же вернулись.

Кроме 3 пункта, остальные легко объяснить.
1) Все было уже предопределено, Эрен просто шел по сценарию, где главная героиня Микаса. Он дал приказ отобрать силу титанов задолго до начала боя, это можно увидеть в разговоре Эрена с Армином, когда он говорит что будет после, он временно стирает им эти воспоминания, которые им возвращаются после его смерти.
2) А ты ожидал объяснений в стиле физики? Сколопендра сама по себе это огромный рояль, некое сверх существо, о нем ничего не известно, откуда, что и как, и там нет никаких ограничений на что она способна, может она какой то божий умысел(в некоторых эпизодах были даже намеки/упоминания что эта сила похоже на божественную, да и в целом там упоминается бог), с ней можно придумывать что угодно, и это будет уместно. Чисто гипотетический, если она может взамен на жизненную силу носителя создавать различную материю из ЭНЕРГИИ, и наделять носителя какими то экстра способностями то почему она не может создавать пространства душ(допустим аккумулировав достаточно той же энергии и сквозь искривление пространства создать новое)? Это не запрещено, вследствие возможно, в этом мире свои правила и автор создает их, и если он не считает нужным он вполне может об этом не упоминать, было дано достаточно инфы о путях необходимого для сюжета.