После второго сезона прошла пара недель. Все живут мирной жизнью до поры до времени...пока над городом не появляется невидимая сфера, которую видит лишь Шидо. Это сфера является скоплением всех противоречивых чувств духов, которые запечатал Шидо и одному богу известно, что случится если эта сфера взорвется. Итак, новое свидание начинается.

Череда самоубийств захлёстывает мир будущего. Многие случаи не просто жестоки, а практически невозможны: вживлённые в тела имплантаты предупреждают об опасности, а видимой причины, по которой люди могли бы покончить с собой, нет. Одним из следователей, занимающийся этим делом, является Тоан Кирие. Расследование приводит её к школьной подруге Миахе, но та покончила с собой 13 лет назад. Действительно ли она мертва и какой новый мир может быть построен из смерти и хаоса, и предстоит узнать героине.

Прошел год после событий, описанных во втором сезоне сериала, и Мотоко Кусанаги уже покинула 9-й отдел "Бюро Общественной безопасности", который за это время разросся до команды из 20-ти полевых оперативников во главе с Тогусой. Сотрудники 9 отдела сталкиваются с несколькими странными случаями, которые приводят их к главному подозреваемому, высококлассному хакеру с ником Кукольник.

Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато — детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он — живой киборг, оснащённый искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги. Вместе с напарником Тогусой Бато привлечён к расследованию серии убийств роботами своих владельцев, причём все роботы относятся к эспериментальной модели секс-андроидов фирмы Locus Solus.

Действие фильма происходит в антиутопическом будущем[2]. К 2029 году, благодаря повсеместно распространившимся компьютерным сетям и кибер-технологиям, практически все люди вживили себе разнообразные нейронные имплантаты. Но кибер-технологии принесли и новую опасность для человека: стал возможным так называемый «взлом мозга» и ряд других преступлений, связанный непосредственно с ними. Давно разыскиваемый хакер, которого прозвали Кукловодом, начинает вмешиваться в политику, и тогда «9-й Отдел» Бюро Общественной безопасности, оперотряд полиции, оснащённый по последнему слову техники, получает приказ расследовать это дело и остановить Кукловода. В погоне за ним возникает вопрос: что делает человека человеком и кто такой Кукловод в этом мире, где граница между человеком и машиной почти незаметна? Термин «призрак» во вселенной «Призрака в доспехах» является собирательным понятием интуиции, сознания, души и личности.

Это аниме расскажет нам о выходках и подвигах юного голубоглазого озорника Боруто, чей отец Наруто Удзумаки, Хокагэ Скрытого листа, постоянно занят и не уделяет ему времени из-за чего тот всячески стремится привлечь его внимание. Так же в фильме обещают появление Сакуры и Саскэ и еще много кого из старых знакомых, что немного изменились с течением времени.